不同物種Dock7基因編碼區生物信息學分析

劉小輝，李祥龍，2* ，周榮艷，李蘭會，張 天，王建濤

(1.河北農業大學 動物科技學院，河北 保定 071001；2. 河北科技師范學院 動物科技學院，河北 秦皇島 066000；3.唐山市畜牧工作站，河北 唐山 063004)

Dock7是毛色相關基因，已經被克隆，具有色素減退作用且對發育具有重要作用，在小鼠的腹部、爪子、尾部缺少色素而使局部出現白色，但是在體外培養的黑色素細胞出現色素沉著過度[1]。Dock7基因在多種組織中表達，作為一種鳥苷酸交換因子，通過催化結合GDP與自由GTP之間的交換特異激活Rac1和Rac3，鳥嘌呤核苷酸交換因子參與將跨膜受體和細胞內GTPase家族成員聯系起來的信號通路，從而調控許多細胞作用，如細胞增殖分化黏附凋亡等[2]，研究證實，Rac1在細胞的遷移黏附等方面發揮重要作用[3]。由于替換與剪切使得Dock基因存在多種亞型，本文利用比較基因組學和生物信息學方法研究了Dock7 基因編碼區種間和種內變異，從而探明該基因在不同種間及種內的遺傳分化，進而為相關黑色素基因的遺傳學和進化分析奠定基礎。

1 材料與方法

1.1 序列來源

從NCBI 網站http://www.ncbi.nlm.nih.gov/的GenBank 中下載人、倭黑猩猩、大猩猩、毛猩猩、東非狒狒、玻利維亞的灰鼠猴子、虎鯨、家馬、白犀牛、雪貂、家牛、大熊貓、佛羅里達海牛、海象、歐洲兔、家貓、家綿羊、星鼻鼴鼠、北美鼠兔、裸鼢鼠、非洲跳鼠、八齒鼠、褐家鼠、小家鼠、袋獾、原雞、爪蟾27個物種68條Dock7 基因的CDS序列，68個基因序列的登錄號見表1。

1.2 方 法

將序列下載后，首先利用BioEdit軟件對下載的27個物種的68條Dock7 基因CDS 序列進行比對分析……