1913年9月,工商部設地質研究所。10月1日,地質研究所在北京馬神廟北京大學內開學,這是一個培養地質調查人才的教育機構,錄取學生30人。地質調查所所長丁文江兼任地質研究所所長。1914年1月,由章鴻釗接任所長。翁文灝回國后,任地質研究所講師?!耙灾袊?,入中國之校,從中國之師范,以研究中國之地質者,實自茲始?!痹谌甑膶W習中,所長章鴻釗主講礦物學和地史學,丁文江講授古生物學和地文學,翁文灝承擔的課程最多,有普通地質學、礦物巖石學、礦床學等等。同時開設多門專業基礎課,由北京大學教師和礦政司的官員任教。
1914年,工商部地質研究所改稱農商部地質研究所。1915年夏至1916年,農商部地質研究所和地質調查所陸續遷入豐盛胡同3號師范學校舊址和兵馬司胡同9號。豐盛胡同3號假山疊峙,花木扶疏。在這里,章鴻釗、翁文灝和丁文江對地質研究所的課程作了重大調整,增加采礦、冶金等實用性課程,增加校外學習,更加注重學生的野外實地工作能力。1916年7月,地質研究所的21名學生在這里完成學業,18人取得畢業證書,其中有葉良輔、謝家榮、王竹泉、李捷、李學清、劉季辰、周贊衡、譚錫疇、朱庭祜等。他們中有15人進入地質調查所工作,使地質調查所得以正式開展工作。這批學生的大部分成為中國地質科學的棟梁。地質研究所引進和傳播西方近代地質學,自己培養出中國第一批地質人才,為中國地質科學的發展奠定了第一塊基石。
在這批學生完成學業之后,地質研究所隨即停辦。