谷子種質(zhì)資源遺傳多樣性研究

摘 要：利用谷子基因組序列開發(fā)出SSR引物205對(duì)，其中171對(duì)可以穩(wěn)定擴(kuò)增出目的條帶，149對(duì)有多態(tài)性。利用30個(gè)多態(tài)性SSR標(biāo)記對(duì)41份谷子種質(zhì)資源進(jìn)行遺傳多樣性分析，共檢測出291個(gè)等位變異，平均每個(gè)位點(diǎn)9.7個(gè)。谷子地方品種基因多樣性指數(shù)平均為0.7907，育成品種基因多樣性指數(shù)平均為0.7571。對(duì)41個(gè)谷子品種進(jìn)行聚類，在遺傳相似系數(shù)為0.164時(shí)聚為6組，與生態(tài)型基本一致。

關(guān)鍵詞：谷子；SSR標(biāo)記；遺傳多樣性；聚類分析

中圖分類號(hào)：S515.032文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)號(hào)：A文章編號(hào)：1001-4942（2013）03-0033-07

谷子[Setaria italica （L.） Beauv.]起源于我國，是世界上最古老的糧食作物之一[1]。谷子具有耐旱、耐鹽、耐瘠薄、高光合作用效率等特性，在我國北方旱作農(nóng)業(yè)和食品消費(fèi)多元化需求方面占有重要地位。谷子是二倍體自花授粉作物， 基因組較小，約490 Mb，與水稻基因組結(jié)構(gòu)存在明顯的共線性，是進(jìn)行基因組研究的理想作物[2]。近年來，基于DNA序列所開發(fā)的RFLP、RAPD、AFLP等分子標(biāo)記的發(fā)展為谷子的遺傳研究提供了有力工具[3～5]。SSR標(biāo)記具有分析簡便、重復(fù)性好、多態(tài)性高等優(yōu)點(diǎn)，是谷子遺傳多樣性、品種鑒定和QTL定位等研究的有效標(biāo)記[6]。然而現(xiàn)有的谷子SSR標(biāo)記數(shù)量少，不能滿足谷子多方面研究的需要，大量開發(fā)覆蓋全基因組的SSR標(biāo)記仍是目前谷子研究的重要工作之一。本研究通過對(duì)谷子基因組序列進(jìn)行SSR位點(diǎn)的搜索，開發(fā)出一批SSR標(biāo)記，對(duì)一批不同生態(tài)類型的谷子種質(zhì)資源進(jìn)行了初步的遺傳多樣性研究。

1 材料與方法

1.1 供試材料

從谷子核心種質(zhì)材料中選取41份有代表性的地方品種和育成品種，共涉及東北平原、華北平原、淮河以南、黃土高原、內(nèi)蒙古高原及西北內(nèi)陸6個(gè)生態(tài)區(qū)（表1）。……