赫魯曉夫掌權后，1958-1964年發動了一次規模空前的反宗教運動。在他執政期間，共關閉教堂約兩萬座，有3萬名神職人員被驅逐，有69座修道院被關閉。到赫魯曉夫下臺的1965年，有400萬人口的列寧格勒，只剩下7座教堂。勃列日涅夫時期，反宗教斗爭擴大至普通信教民眾和大批的猶太教徒。1973年，猶太教堂減少到50座。與此同時，希伯來文《塔納赫》被視為毒品一般的禁書，只有從事這方面研究的少數專家經過特殊批準才能得到。在蘇聯最有影響力的猶太教神秘主義哈巴德教派盧巴維奇支派的領袖大萊比盧巴維奇被迫離開蘇聯去了美國。在宗教政策打壓下，大批信教民眾失去公民權，面臨失學、失業的危機。戈爾巴喬夫時期宗教政策轉向寬容，宗教組織和宗教活動才得以恢復，而且新涌現出眾多宗教政黨，如“人民東正教運動”“俄羅斯東正教君主立憲黨”等等。
