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基于實例與MATLAB的ROC曲線繪制比較研究

2010-01-29 07:19:12石昊蘇
電子設計工程 2010年9期
關鍵詞:信號評價方法

石昊蘇

(1.西北政法大學 計算機與信息管理系,陜西 西安 710063;2.西安科技大學 經管學院,陜西 西安 710054)

目前,隨著信息化社會的不斷發(fā)展,非計算機專業(yè)人員的計算機應用能力也在不斷提高,計算機作為輔助工具已經滲透到各行各業(yè)。例如,醫(yī)生檢查完病人,診斷醫(yī)師對檢查資料進行判讀時,經常使用ROC曲線作為判讀的參考;臨床化學家利用ROC曲線對觀察臨床實驗室診斷試驗的精確度進行評價、比較和報告等;物種保護專家利用ROC曲線評價多種模型的預測效果和ROC曲線用于個人信用評分已成為當今研究物種的熱點問題等等。因此如何依據ROC曲線的概念,利用計算機完成ROC曲線的繪制,是進行正確判斷的前提。考慮如上問題,文章簡要地敘述了ROC曲線的基本知識,以閾值法去除信號數據中的噪聲為例,詳細地講解了Excel和MATLAB編程下繪制ROC曲線的過程,通過ROC曲線的判斷,得到最佳合理閾值對信號數據進行去噪。

1 ROC曲線的基本知識

在影像學檢查中,醫(yī)生會使用各種技術來檢查病人,但是在診斷醫(yī)師對檢查資料進行判讀時,卻往往不能將患者與正常人完全分開,一般都存在一定程度的漏診與誤診。所以采用應用判斷矩陣的方法來表示診斷的結果,如表1所示,共有 4 種可能:真陽性(true positive)、真陰性(true negative)、假陽性(false positive)和假陰性(false negative)。真陽性率也叫敏感度(sensitivity),表示在確診為有病者中檢查為陽性者所占的比例 a/(a+c)×100%;真陰性率也叫特異度(specificity),表示在確診為正常人中檢查為陰性者所占的比例d/(b+d)×100%;假陽性率為誤診率,是確診為正常人檢查為陽性者所占的比例b/(b+d)×100%;假陰性率為漏診率,是確診為有病者中檢查為陰性者所占的比例 c/(a+c)×100%[1-4]。

表1 判斷矩陣示意圖Tab.1 Diagram of judgment matrix

ROC(receiver operator characteristic),稱為受試者工作特征曲線,又稱為接收者操作特性曲線。是一種以信息檢出理論為基礎,廣泛應用的數理統(tǒng)計方法[3-4]。它根據一系列不同的二分類方式(分界值或閾值),以真陽性率(敏感度)為縱坐標,假陽性率(1-特異度)為橫坐標繪制的曲線。

1)4個基本概念 敏感度是把實際為真值的,判斷為真值的概率;特異度是把實際為假值的,判斷為假值的概率;誤診率是把實際為假值的,判斷為真值的概率,其值等于1-特異度;漏診率是把實際為真值的,判斷為假值的概率。

2)ROC曲線繪制的原理 通過對判斷點(cutoff point)的移動,獲得多對敏感度(sensitivity)和誤判率(1-特異度),以敏感度為縱軸,以誤診率為橫軸,連接各點繪制ROC曲線。

ROC曲線下面積判斷標準[4-6]如表2所示。

表2 ROC曲線面積判斷標準Tab.2 ROC area criterion

2 ROC曲線的作用和優(yōu)點

2.1 ROC曲線的作用

1)ROC曲線能很容易地查出任意界限值時對疾病的識別能力;

2)ROC曲線能選擇最佳的診斷界限值。ROC曲線越靠近左上角,試驗的準確性就越高。最靠近左上角的ROC曲線的點是錯誤最少的最好閾值,其假陽性和假陰性的總數最少;

3)能夠比較兩種或兩種以上不同診斷試驗對疾病識別的能力。

在對同一種疾病的兩種或兩種以上診斷方法進行比較時,可將各試驗的ROC曲線繪制到同一坐標中,以直觀地鑒別優(yōu)劣,靠近左上角的ROC曲線所代表的受試者工作最準確。也可通過對計算各個試驗的ROC曲線下的面積(AUC)進行比較,哪一種試驗的AUC最大,則哪一種試驗的診斷價值最佳。

2.2 ROC曲線的優(yōu)點

1)方法簡單、直觀,通過圖示可觀察分析方法的臨床準確性,并可用肉眼作出判斷;

2)ROC曲線將敏感度與特異度以圖示方法結合在一起,可準確反映某分析方法特異性和敏感性的關系,是試驗準確性的綜合代表;

3)ROC曲線不固定分類的界限值,允許中間狀態(tài)存在,有利于使用者結合專業(yè)知識,權衡漏診與誤診的影響,選擇一個更佳判斷點作為診斷參考值;

4)能夠完成對不同的試驗在共同標尺下的直觀比較,ROC曲線越凸越靠近左上角,表明其診斷價值越大,有利于不同指標間的比較;

5)ROC曲線下的面積可以用來評價診斷的準確性[6]。

3 ROC曲線的繪制

3.1 數據來源

有100個樣本數據文件test1.xls,其來源為Springer編寫的《Pattern Recognition-Concepts,Methods and Applications》的數據集datases文件signalnoise.xls,其中選取要使用的2列數據signal,noisel+signal存入test1.xls文件中。使用不同的閾值將噪聲與信號分離。圖1為包含有噪聲的信號數據曲線。

圖1 包含有噪聲的隨機信號數據曲線Fig.1 Curves of random signal data with noise

3.2 實驗步驟

3.2.1 ROC曲線的繪制方法1

利用Excel軟件的計算功能。打開數據test1.xls,在Excel中取不同的閾值,得到數對敏感度和特異度,如表3所示,然后在MATLAB下畫圖,得到ROC曲線,如圖2所示。

表3 100個信號值在不同的閾值下的敏感度和特異度Tab.3 Sensitivity and specificity of 100 signal values at different thresholds

圖2 不同閾值下的ROC曲線Fig.2 ROC curves at different thresholds

3.2.2 ROC曲線的繪制方法2

利用MATLAB軟件下的直方圖,取不同的閾值,得到數對敏感度和特異度,然后以敏感度為縱軸,1-特異度為橫軸,在MATLAB下畫圖,得到ROC曲線。圖3,圖4分別為信號數據,噪聲信號數據的直方圖,其中x=-0.1:0.2:20,Signal,NoiseS分別為test0.xls中的signal數據,signal+noise數據。

圖 3 信號數據直方圖 hist(signal,x)Fig.3 Signal data histogram hist(signal,x)

圖4 帶有噪聲的信號數據直方圖hist(NoiseS,x)Fig.4 Signal data histogram with noise hist(NoiseS,x)

表4 取不同的閾值試驗所得到的個數Tab.4 Numbers of data at different thresholds test

3.2.3 方法2計算某閾值下的敏感度和特異度

例如:第2次實驗時,閾值取為0.2。對于signal數據,大于閾值0.2時為信號,其實際也確為信號,所以它的敏感度(真陽性率)為:(大于閾值0.2時的所有信號數/signal總數),也等于:1-(小于等于閾值0.2時的所有信號個數/signal的總數);對于Noise數據,大于閾值0.2時為信號,但實際確為噪聲,所以它的誤診率(假陽性率)為:(大于閾值0.2時的所有信號個數/Noise的總數),也等于:1-(小于等于閾值0.2時的所有個數/Noise的總數)。特異度=1-誤診率。

3.2.4 方法2中的部分代碼與ROC曲線圖

方法2中的部分代碼如下:

%signal數據,NoiseSignal數據依對應x值分區(qū)的頻數累計值分別存入a,b數組

[a]=hist(signal,x);[b]=hist(NoiseS,x) ;

aa=cumsum(a);%aa是 a 的元素累加和

bb=cumsum(b);%bb是 b 的元素累加和

ya=1-aa/aa(Len);%數組ya為真陽性百分比值(敏感度)

xb=1-(bb-aa)/(bb(Len)-aa(Len));%數組 xb 為假陽性百分比值(誤診率)

plot(xb ,ya ,‘ok-’);%以數組 xb,ya為坐標,以字符“o”畫出數據點,黑色線連接

xlabel(‘1- 特異性(%)’);%用‘1- 特異性(%) ’標記x軸

ylabel(‘靈敏度(%) ’);%用‘靈敏度(%)’標記 y軸title(‘ROC 曲線圖’);

q=-trapz(xb,ya);%求 ROC 曲線下的面積 AUC,(最大為1)

圖5為MATLAB編程生成ROC曲線。

4 結束語

由于ROC評價法的應用研究越來越多,但是ROC曲線又是以醫(yī)師主觀判斷為基礎的評價方法,即使相同的對象在相同條件下被評價,尚不能保證評價結果重現,因此在比較由評價結果得到的ROC曲線時,有必要進行統(tǒng)計學檢驗。而且由于現有的幾種算法存在不足,使得其廣泛應用受到限制,因此有待進一步開發(fā)新的ROC評價計算方法,但是只要根據ROC的概念和計算方法,應用MATLAB編程開發(fā)繪制方法還是比較方便和容易的。

圖5 MATLAB編程生成ROC曲線Fig.5 Drawing ROC curve with MATLAB

[1]盧傳友,柳澄,秦維昌.ROC評價法在臨床診斷中的應用價值[J].醫(yī)學影像學雜志,2004,14(9):757-759.LU Chuan-you,LIU Cheng,QIN Wei-chang.Value of application of ROC evaluation in clinical diagnosis[J].Journal of Medical Imaging,2004,14(9):757-759.

[2]楊鈞,馬大慶,高培毅,等.ROC方法及其在放射學中的應用[J].中國醫(yī)學影像技術,2000,16(5):407-409.YANG Jun,MA Da-qing,GAO Pei-yi,et al.ROC method and its application in radiology[J].Chinese Journal of Medical Imaging Technology,2000,16(5):407-409.

[3]王鍵,袁聿德.ROC解析評價放射影像質量的進展[J].泰山醫(yī)學院學報,2001(2):166-168.WANG Jian,YUAN Yu-de.ROC analysis evaluation of the progress of radiation image quality[J].Journal of Taishan Medical College,2001(2):166-168.

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[6]宋花玲.ROC曲線的評價研究及應用[D].上海:第二軍醫(yī)大學,2006.

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