分子動力學模擬的優化與并行研究
2005-04-29 00:00:00張勤勇蔣洪川劉翠華
計算機應用研究 2005年8期
摘 要：分析討論了分子動力學模擬的算法特征和計算特點，對串行程序作了優化，并使之適合于作并行化。對模擬體系使用區域分解的方法，在計算節點間保留了部分重疊區域，采用基于消息傳遞的MPI設計平臺，在可擴展機群上實現了并行化，獲得了90％以上的并行效率。
關鍵詞：分子動力學模擬；優化；并行
中圖法分類號：TP301．6
文獻標識碼：A
文章編號：1001—3695(2005)08—0084—02
