在《萬歷十五年》中,黃仁宇對海瑞冠以“古怪的模范官僚”。海瑞的事例再次彰顯了一個道理,也即在古典專制體制下,模范官僚失敗命運之不可避免。其原因正如黃仁宇所說:“個人道德之長,也不能補救組織和技術之短。”在古典專制體制下,如海瑞這樣的“清官”,其清廉風節不僅無法在文官集團中推廣,其治世主張也無法得到施行,而且其失敗命運幾乎不可避免。深究海瑞模范官僚之失敗原因,可得如下幾點:第一,正如黃仁宇指出的,我們這個帝國存在一個長期以來一直無法克服的治術困難:“以熟讀詩書的文人治理農民,他們不可能改進這個司法制度,更談不上保障人權。”這也是文官制度的一個深刻的弊端,即文官所學非所用,所用非所學。歷代文官的出身,不外門第、科舉、薦舉、孝廉等幾種,個人道德風范和對儒學的理解在此過程中卻主要成為入仕的標準。文官集團的出身以及知識背景,決定了其施政風格與原則必然有以道德替代技術的傾向;同時,文官集團普遍缺乏組織與技術才能,法律的解釋和執行離不開傳統的倫理,組織上也沒有對付復雜的因素和多元關系的能力。這在模范官僚海瑞身上得到體現。黃仁宇在著作中表示,人類的日常行為乃至一舉一動,都可以根據直覺歸納于善、惡兩個道德范疇之內;而且他充當司法官和行政官時采取的斷案原則,也即是道德原則而非法律原則。海瑞主張,在出現不易裁斷的糾紛時,“與其屈兄,寧屈其弟;與其屈叔伯,寧屈其侄”。這便是以道德倫理替代法律來斷定是非曲直的明證。第二,中國古代文官政治在現實和理想、形式與實質之間存在較大差異,往往是說一套、做一套。這一點王亞南在《中國官僚政治研究》中已經明確指出:“官僚社會的矛盾的本質,在任一場合,都會加強講形式,不肯過于認真,不能徹底地去掉官僚作風。”但是模范官僚海瑞不明白這一點,他“不能相信治國的根本大計是在上層懸掛一個抽象的、至善至美的道德標準,而責成下面的人在可能范圍內照辦,行不通就打折扣”。模范官僚海瑞尊重法律,乃是按照規定的最高限度執行,這就不免打破了文官集團內部心照不宣的潛規則,自然為他人所不忿。完全依據法律來行事,海瑞還曾立呼對貪官污吏恢復洪武時代剝皮實草的極刑,其主張之殘酷性大干眾怒。結果在文官政治的二重性情況下,海瑞被冠以名譽上的極高地位,但卻在實際政治過程中受到皇帝及絕大部分文官之冷遇與敬而遠之,直到海瑞的死訊傳出,文官們才大大松了一口氣。第三,正如王亞南在《中國官僚政治研究》中論述的那樣,在古典政治體制下,官僚的政治生活一般地體現為貪污生活。“以學干祿”的儒家思想,“做官發財”的政治實利思想,官職作為一種特權而非僅僅職業的現實,官制上不合理的規定,都給了文官以貪污的動力。王亞南指出,以地主經濟為基礎的專制官僚政治,一定要造出官、商、高利貸者與地主的“四位一體”場面,一定要造出集權的或官營的經濟形態,一定要造出貪贓枉法的風氣。而這三者又最可能息息相通,相互影響,相互結合。在這種情況下,貪污不僅是一種現實,也是維持文官政治運轉的一種需要。因而,不了解這個秘密,如海瑞般的模范官僚想以道德倫理或嚴刑酷法來禁絕貪污,無疑不合時宜,也必然會失敗。